Solid Snake precisa se infiltrar na fortaleza de Higharolla Kockamamie e destruir seus mechs de guerra Metal Gear, pondo fim ao seu reinado de terror. O jogador tem a tarefa de avançar furtivamente por uma selva, uma vila abandonada, um navio cargueiro e até um trem de alta velocidade, evitando a linha de visão dos guardas que patrulham. Se Snake for avistado, o alarme soa e o caos se instala – forçando o jogador a fugir ou lutar.